Essa duplicidade normalmente acontece quando é feita uma imagem do Windows e reinstalado. Para usar imagens, o remote não pode estar instalado.
Para resolver uma duplicidade de ID faça o seguinte:
Primeiro. no seu master control, vá em configurações, configurações do seu grupo de controls e na aba remote você vai ver a senha para acesso de configuração dos seus remotes.
Em seguida, em uma das máquinas remotas que está com o ID duplicado, na barra superior da tela principal do remote, clique com o botão direito do mouse e em avançado e selecione gerar novo ID, depois é só cadastrar esse ID no control, no bonequinho com sinal de “+”.
Quando for executar esse procedimento será solicitada a senha que você verificou anteriormente.
Tela principal é aquela maior que abre no centro da tela do dispositivo remoto. A que fica no canto inferior direito é o painel informativo.

Saiba mais AQUI Sobre a senha para configuração de agente remotos.
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